大まかに説明すると、本編で霊廟で魂だけで存在していたチャリスが助けを求めてきて、 チャリスを完全復活させようとするストーリーである。そのためには、 新キャラクターシェフ・ソルトベイカーの作る「ワンダー・タルト」が必要で、そのタルトを作るために ボスを倒して材料集めをするというストーリー。
インクウェル島1にある霊廟1をクリアすると、顔が時計の船乗りが現れ、（DLCを買っていれば） 新しい島まで乗せていってくれる。
新操作キャラクターチャリスを使うには、お守りとしてシェフお手製のクッキーを使うと、 カップヘッドかマグマンのタマシイとチャリスのタマシイが入れ替わる。 クッキーがあれば、本編でも使える。
